A biogázból történő energia és hőtermelés szén-dioxid semleges, azaz a biogáz felhasználása során nem kerül többlet szén-dioxid a levegőbe, ellentétben a fosszilis energiahordozókkal. Ez azt jelenti, hogy a biogáz elégetésekor keletkezett CO2 mennyisége nem haladja meg a felhasznált növények fejlődése során a légkörből megkötött szén-dioxid mennyiségét.
A mezőgazdasági melléktermékek, trágyák fermentálása során pedig a CO2-nél 21-szer károsabb üvegházhatású gáz, a metán légkörbe jutását lehet elkerülni.
A biogázból történő energia és hőtermelés nem járul hozzá a globális felmelegedéshez, valamint a működés közben keletkező biohumusszal helyettesíthető a műtrágya, így tovább csökkenthető a környezetterhelés.