A biogáz erjesztés zárt rendszerben zajlik ezért a tápanyagok közül kizárólag a nitrogénben mutatkozik elhanyagolható (1,5%-os) veszteség. A veszteség komposzt esetében 20 és 40% között mozog.
A biotrágya alkalmazása (a kedvező biológiai hatások eredményeképpen) a komposzthoz képest 50%-os, a műtrágyához képest 30%-os terméstöbblettel járhat a szántóföldi növénytermesztésben.