Nem, a reaktor a környezetbe semmilyen kellemetlen szagot nem bocsát ki. A lebomlás során keletkezett kénhidrogén biotechnológiai módszerekkel semlegesítésre kerül. Az egyetlen kellemetlen szagforrást a bekerülő anyagok (trágya, szerves hulladék, stb.) jelenthetik. Ez kiküszöbölhető, ha például szárított energianövényt használunk a berendezés üzemeltetéséhez, illetve, ha a nem szagtalan beviteli anyag (pl.: trágya) bejuttatása zárt rendszerben történik. Az erjedés befejeztével a rendszerből kikerülő biotrágya pedig gyakorlatilag szagmentes.